常见问题
FAQ
为了数据质量、结果产出及顺利投稿，必须注意生物学重复问题。考虑到个体差异，后期组间统计学分析以及偏离样本，自然环境至少3个生物学重复，推荐5个；若是人类的肠道、粪便等样品，由于个体特异性高，建议10个以上的重复。从科学的角度来讲，最好能够整批样品同时测序分析，既可以减少不同批次间的系统误差，还能节省项目周期。若样品准备有困难，也可以分批次启动，但由此可能带来系统误差问题。
ITS测序主要是针对真菌多样性的研究，注释准确度高；18S测序针对的是真核微生物，注释到的范围广，但是就真菌来说精确度相对较低；可根据研究目的合理选择测序方案。
扩增子主要分为16S、18S、ITS等测序，关注环境样本中的物种组成，该技术物美价廉，实用性高。宏基因组关注环境样本中的物种组成、功能组成及代谢通路等信息，该技术深入挖掘环境样本功能层面的信息。
DGGE等分子指纹图谱技术，在其实验结果中往往只含有数十条条带，只能反映出样品中的优势种群，需要标准菌株，且受到凝胶电泳特性的局限，无法检测到稀有菌群的种类，因此其重复性和分辨率都不甚理想。而高通量测序技术能同时对样品中的优势种群及微量菌进行检测，获得样品中的微生物群落组成，并将其含量进行数字化。
Miseq PE300平台测序长度为600bp，但其测序质量较差，质控需要过滤掉超过100bp质量较差的序列；Hiseq2500 PE250平台测序质量较好，但测序总长度为500bp，去掉12bp的barcode和部分质量较差的序列之后只剩460bp左右。所以保守起见，扩增子片段长度不能超过460bp，否则双端测序结果将无法进行拼接，在引物选择时应引起注意。
1. 覆盖范围：全基因组BSA可以覆盖整个基因组，而RNAseq只对编码区进行测序。
2. 基因检测的偏好性：全基因组BSA对基因的检测较均匀，无偏好性，不受时间或者组织的影响。RNAseq偏向于在特定时间或者组织中高表达的基因。
3. 区域偏好性：基因分布不均匀，若一些区域基因密度低，用RNAseq可能漏掉。
4. 多态性：基因组的多态性多数位于非编码区，采用RNAseq检测到的多态性较低，只有少数与突变位点连锁的多态性标记能被RNAseq检测到。因此，采用全基因组BSA更容易检测到与目标基因连锁的多态性标记。
BSA性状定位是基于SNP，通过比较SNP频率差异进行分析的，EMS诱发的是点突变，所以EMS诱发的突变适合这种分析方式；其他的诱变方式诱发的大部分是结构变异，在SNP水平上可能找不到导致目标性状差异的区域，所以不适合SNP频率分析的方法。
美格基因
美格科服
联系我们
地址：广东深圳国际创新谷三期7栋B座13层
地址：广州国际生物岛官洲生命科学中心A栋第28层
地址：广州佳德科技园B栋3层
Copyright © 2023 广东美格基因科技有限公司
