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环境DNA(eDNA)生物多样性检测


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环境DNA

环境DNA (environmental DNA,eDNA),是从环境样品(如水、土壤、空气、冰芯等)中直接提取到的DNA片段的总和,是来自微生物、动物、植物等不同物种DNA的混合物。
来源:生物体经由皮肤、毛发、鳞片、尿液、粪便、粘液等释放到环境的细胞内的胞内DNA和细胞死亡后裂解释放到环境中的胞外DNA。

环境DNA宏条形码的技术

环境DNA宏条形码技术是从水、气、土等环境样本中提取生物的遗传信息,通过运用适当的引物对不同物种共有区域的物种特异性序列(位于染色体或线粒体基因组上)进行扩增,再经过高通量测序,得到DNA的序列后进行物种鉴定,获取环境中的物种群落信息。

技术特点

经典文章 

文章一:

本研究采用环境DNA的方法分析中国东北、中部和南部三个沿海地区的微真核浮游生物的多样性、群落结构和共现模式的生物地理格局。结果表明,沿海海洋浮游生物多样性表现出强烈的区域特异性模式,环境因子无机氮和重金属对北部湾(BB)和东海(ECS)浮游生物群落相似性的影响最大。此外营养物和HMs对浮游生物的空间共生模式和网络拓扑结构有显著影响。

参考文献:
Zhang.S.Y Zheng,A. Zhan,CDong,J. Zhao & M, Yao (2022)Environmental DNA captures native and non-native fish community variations acro
thelentic andlotic systems ofa megacity. SciAdv,8, eabk0097.

文章二:
对北京市109个定点和定点的鱼类群落进行了环境DNA宏条形码测序,鉴定出52个本地和23个非本地分类群,发现鱼类多样性对城市土地覆被变化的影响不大,但非原生水体的相对序列丰度随着距离城市中心的距离呈线性增加,结果说明了城市化对不同水生栖息地的本地和非本地鱼类的复杂影响,并强调了保护城市水生生物多样性的重要性。

参考文献:
(2) Zhang,Z,J.Li,H.Li,L.Wang,Y.Zhou,S.Li,Z.Zhang,k. Feng & Y.Deng (2023) Environmental DNA metabarcoding reveals the influence of human
activities on microeukaryotic plankton along the Chinese coastline. Water Res.233.119730.

 

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