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宏基因组


产品介绍

宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象,它摆脱了微生物难分离难培养的技术限制,只需从样品中提取全部微生物的总DNA进行测序。根据高通量测序平台的不同,可分为宏基因组(二代)和宏基因组(三代)。
宏基因组(二代):是指采用第二代高通量测序技术,对样品中微生物群落的DNA做全面测序,经过组装、基因预测、基因功能注释等分析,挖掘样品中物种组成、基因功能、代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。
宏基因组(三代):是指采用第三代高通量测序技术,对样品中微生物群落的DNA做全面测序。由于三代测序技术的发展,其在保持长读长的同时也兼顾了准确度,可以减少部分拼接错误,轻松获得高质量的序列信息,提高基因组组装注释的准确性和微生物群落鉴定的分辨率。

技术参数

产品

测序平台

测序策略

宏基因组(二代)

NovaSeq PE150

10G raw data

宏基因组(三代)

PacBio Sequel IIe

3G raw data

 

实验流程

样本DNA提取
PCR扩增及产物纯化
文库构建
文库质检
上机测序

分析流程

(1)宏基因组(二代)分析流程

(2)宏基因组(三代)分析流程

分析结果展示

(1)宏基因组(二代)

功能Bubble图 

LefSe多组差异分析

基于不同Marker基因构建系统发育树

(2)宏基因组(三代)

群落结构 

各样品携带ARGs的contigs的质粒鉴定情况

Binning得到的部分合格MAGs的质量指标

携带ARG的contigs的物种鉴定情况

 

 

 

 

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