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2024年度项目文章大丰收，数量与质量双飞跃
发布时间：
2025-01-21
不知不觉，2024年的帷幕已缓缓落下，如同一本厚重的书，记录着我们的欢笑与泪水，成就与挑战。这一年，我们在时光的画卷上留下了深刻的印记，每一笔都饱含着不懈的努力与无尽的梦想。 自10.01-12.31,整个Q4季度，美格基因共发表项目文章113篇，同比增长14%。其中影响因子大于5的有65篇，占文章总数的57.5%。
不知不觉，2024年的帷幕已缓缓落下，如同一本厚重的书，记录着我们的欢笑与泪水，成就与挑战。这一年，我们在时光的画卷上留下了深刻的印记，每一笔都饱含着不懈的努力与无尽的梦想。
自10.01-12.31,整个Q4季度，美格基因共发表项目文章113篇，同比增长14%。其中影响因子大于5的有65篇，占文章总数的57.5%。
回顾全年，项目文章总数达到了541篇，相比上年，整整多出了73篇，创下了历年新高！总影响因子更是达到了3600+，期刊涵盖JAMA Oncology、Nature Microbiology、Nature Communications、Microbiome、Chemical Engineering Journal、Journal of Hazardous Materials、Water Research、Environment International、Science of The Total Environment等，可谓是“质量、数量双飞跃”！
此番成绩的取得，是各位老师和美格基因共同努力的结果。展望未来，我们将继续秉承创新精神，深化科研合作，努力为老师的科研之路贡献更大的力量！
下面精选出5篇具有代表性的高分文章进行分享
文章一
英文标题：A panoramic view of the virosphere in three wastewater treatment plants by integrating viral-like particle-concentrated and traditional non-concentrated metagenomic approaches
中文标题: 通过整合病毒样颗粒浓缩和传统非浓缩宏基因组方法，对三个污水处理厂的病毒层进行全景观察
期刊：iMeta
发表时间：2024.03.07
影响因子：23.7
美格提供组学服务：宏病毒组
DOI：10.1002/imt2.188
摘要
污水生物处理系统含有丰富多样的微生物，生物处理系统的有效性在很大程度上取决于这些微生物的活性。病毒在其感染阶段通过改变微生物行为和代谢过程而扮演着重要角色。该研究采用两种宏基因组方法，即病毒样颗粒浓缩（VPC，游离病毒样颗粒组分）和非浓缩（NC，细胞组分），来评估它们在揭示病毒组分类、多样性、宿主相互作用、生活方式、动力学等特征方面的有效性。
其研究结果增强了对病毒群落的了解，为优化废水处理系统的运行和监管提供了宝贵的见解。
图1 病毒携带的代表性辅助代谢基因（AMGs）
文章二
英文标题：Aspergillus cvjetkovicii protects against phytopathogens through interspecies chemical signalling in the phyllosphere
中文标题：曲霉菌通过叶际间化学信号传导抵御植物病原体
期刊：Nature Microbiology
发表时间：2024.08.05
影响因子：20.5
美格提供组学服务：16S测序、ITS测序
DOI：10.1038/s41564-024-01781-z
摘要
常驻在植物叶片表面的微生物群落通过产生小分子来影响叶面的化学微环境，但其在病原体防御中的信号传递作用尚未完全明确。本研究表明，富集于水稻叶面微生物群落中的曲霉菌（Aspergillus cvjetkovicii），通过小分子介导的种间信号传递，抑制了立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）的感染。我们鉴定出2,4-二叔丁基酚（2,4-DTBP）作为该富集曲霉属群落中的一种关键信号分子，它有效地通过关闭bZIP激活的AMT1转录来中和依赖活性氧（ROS）的致病性。外源施用A. cvjetkovicii和2,4-DTBP在多种作物上表现出不同程度的对立枯丝核菌感染的保护效果，包括黄瓜、玉米、大豆和番茄。在水稻田间试验中，它们将由立枯丝核菌引起的病害指数降低到了19.7%到32.2%，而对照组则为67.2%到82.6%。此外，2,4-DTBP还显示出对其他水稻病原菌如富士镰刀菌（Fusarium fujikuroi）的活性。
这些发现揭示了一种叶面环境中对抗植物病原体的防御策略，并突显了共生微生物群落驱动的病原性中和潜力。
图2 水稻叶片上曲霉缺陷型/优势型微生物组转录转换真菌致病性的示意图
文章三
英文标题：The gut ileal mucosal virome is disturbed in patients with Crohn's disease and exacerbates intestinal inflammation in mice
中文标题：克罗恩病患者肠道回肠粘膜病毒群紊乱，加剧了小鼠肠道炎症
期刊：Nature Communications
发表时间：2024.02.22
影响因子：14.7
美格提供组学服务：转录组
DOI：10.1038/s41467-024-45794-y
摘要
肠道菌群失调与炎症性肠病（IBD)的发病机制有关。克罗恩病(CD）是一种广泛粘膜炎症的IBD亚型，而作为细菌组和粘膜免疫的经验调节剂的粘膜病毒组，我们对其组成和作用仍不清楚。该实验对跨队列CD患者和健康个体的小肠（末端回肠）病毒组和细菌组进行了组成和功能研究。CD回肠病毒组的特点是裂解性和温和性噬菌体的代表性不足，特别是在急性发作的患者中。同时，CD回肠黏膜的病毒组-细菌组生态表现为缺乏双歧杆菌和毛螺菌科主导的细菌与噬菌体之间的相互作用；该现象在CD缓解期比发作期更明显，强调了CD粘膜炎症的难治性和复发性。最后，我们证实了来自CD患者的回肠病毒粒子在IBD小鼠模型中通过在肠道炎症之前重塑肠道病毒组-细菌组生态和增强肠道细胞中的微生物感知/防御途径导致肠道炎症加剧。
总之，我们的研究结果强调了粘膜病毒在CD发病机制中的重要性，以及粘膜病毒修复在CD治疗中的重要性。
图3 非CD-VLPS给药小鼠与CD-VLPS给药小鼠肠道中差异表达基因的热图
文章四
英文标题：Synoptic Variation Drives Genetic Diversity and Transmission Mode of Airborne DNA Viruses in Urban Space
中文标题：天气变异驱动着城市空间中空气传播的DNA病毒的遗传多样性和传播方式
期刊：Advanced Science
发表时间：2024.10.22
影响因子：14.3
美格提供组学服务：宏病毒组
DOI：10.1002/advs.202404512
摘要
空气中病毒无处不在，在维持生态系统平衡方面发挥着至关重要的作用，然而，它们至今仍未得到探索。本实验从13个空气样本中收集了263.5Gb的数据，用于病毒宏基因组分析。经过组装和分析，共有12484个病毒contigs（1.5-184.2 kb）被聚类到221个属，属于47个科、19个目和15个纲。分析发现，病毒群落的组成受到天气条件的影响，其主要的生物标志物是Caudoviricetes。在这些空气样本中，最主要的病毒属于dsDNA Caudovirisetes（54.0%）和ssDNA Repensivirices（31.2%）类。通过全基因组和核心基因的比对，在目/科/属水平上鉴定出12种新的候选病毒。值得注意的是，Caudoviricetes在多云和雾霾天气中非常普遍，而Repensiviricetes在晴朗和多雨的天气中占高度主导地位。空气病毒的多种辅助代谢基因主要参与脱氧核苷酸的合成，这暗示了它们在大气生态系统中的独特作用。
这些发现加深了人们对气象对病毒组成、传播模式和我们呼吸的空气中的生态作用的理解。
图4 病毒在空气和地球表面环境/生物体之间的传播模式
文章五
英文标题：Phosphorus availability influences disease-suppressive soil microbiome through plant-microbe interactions
中文标题：磷通过植物与微生物的相互作用影响有效抑制病害的土壤微生物组
期刊：Microbiome
发表时间：2024.9.28
影响因子：13.8
美格提供组学服务：扩增子测序
DOI：10.1186/s40168-024-01906-w
摘要
土壤养分状况和土传病害是影响现代集约化农业生产的关键因素。农业生态系统中植物、土壤微生物组和营养制度之间的相互作用对于发展有效的疾病管理至关重要。然而，养分有效性对土壤传播疾病抑制和相关植物-微生物相互作用的影响仍有待充分探索。这项研究旨在将磷做为目标养分，探究其对病害抑制作用的机制。通过为期6年的番茄单作和不同施肥操作的田间试验表明，磷的有效性是控制青枯菌引起的青枯病的关键因素。随后研究人员又进行了温室实验，通过改变受病原体攻击的番茄的磷可用性，深入研究了这一现象的潜在机制。结果表明，磷胁迫的缓解促进了根际微生物组的抗病能力，但没有促进土壤微生物组的整体抗病能力。充足的磷水平与根系代谢物如L-色氨酸、甲氧基吲哚乙酸、O-磷酸乙醇胺等分泌增加有关，这增加了根际黄杆菌等微生物生物防治种群的相对密度。另一方面，磷缺乏引发了另一种防御策略，通过blumenol A或槲皮素等根代谢物与丛枝菌根真菌形成共生关系，从而促进了磷的获取。
本研究的发现强调了优化营养制度以加强疾病抑制、促进有针对性的作物管理和提高农业生产力的重要性。
图5 磷和病原体接种对土壤微生物群的影响
在此，我们感谢每一位老师的辛勤付出和对美格的认可。相信在未来的道路上我们一定能携手继续乘风破浪，开创更加辉煌的篇章！
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