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实现宿主与微生物共检测！“FFPE空间转录组（Stereo-seq）”服务重磅推出

发布时间：

2025-10-24

FFPE样本是临床病理存档的“金标准”，全球存量巨大，蕴含丰富的疾病信息。但其制备过程会导致RNA严重降解和交联，使得获取高质量的转录组数据极为困难，这限制了我们对这些珍贵样本的深入研究，尤其在宿主-微生物互作领域尚属空白。

现在，我们为您带来了全新的解决方案——“FFPE空间转录组（Stereo-seq）”服务现已开放！欢迎随我们一起深入了解，共同探索如何释放您珍贵样本的无限潜力。

【FFPE空间转录组（Stereo-seq）】

“FFPE空间转录组（Stereo-seq）”是基于创新的“随机探针”技术与Stereo-seq平台，专为临床珍贵的FFPE样本设计。该方案能够对组织细胞内的Total RNA进行原位捕获，并通过空间条形码还原其原始位置，从而实现全物种、全转录组的空间表达图谱构建。

本次推出的服务基于全新升级的FFPE V1.1方案。相比前代，该方案通过优化的探针设计与生化反应，不仅保持了高分辨率，更在基因捕获效率、数据利用率及抑制RNA扩散方面获得显著提升，同时支持多样本混合检测。其独特优势在于能同步捕获宿主与微生物的双重信息，从而成为在空间原位揭示宿主-微生物相互作用的利器，有望深刻推动肿瘤免疫及感染病理等领域的深入研究。

技术原理图

【技术优势】

【几大核心应用场景】

01 回顾性队列研究

基于历史蜡块与TMA样本，揭示疾病机制，驱动新药研发。

02 细胞图谱研究

绘制细胞空间图谱、解析细胞间空间互作网络。

03 生物标志物研究

筛选与验证用于疾病预测、早期诊断和预后评估的关键标志物。

04 宿主与微生物互作研究

探究肠道微生物、肿瘤内微生物、病原菌等与宿主间的复杂关系。

05 非编码RNA调控研究

阐释lncRNA等非编码RNA的空间表达特征与异质性、调控作用及机制。

【服务全流程】

样品可以接收蜡块、蜡片、组织贴芯片样本，数据分析流程如下：

【部分结果展示】

SingleR细胞类群注释打分热图

细胞聚类结果（Bin100）

属水平上的主要微生物比例

【文献速递】

Stereo-seq V2：针对FFPE切片的高分辨率全RNA空间定位技术

发表期刊：Cell（IF=42.5）

发表时间：2025.08

摘要：

目前的空间转录组技术在针对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本——这一临床实践中最主要的样本保存形式——进行全RNA分析时仍面临巨大挑战。Stereo-seq V2技术，通过采用随机引物对FFPE切片中的RNA进行原位捕获与测序，成功实现了单细胞级分辨率。这种基于随机引物的策略具有无偏倚转录本捕获和均匀基因覆盖度的优势，有效提升了标志基因的检测灵敏度、增强了非poly(A)RNA的分析能力、并扩大了免疫组库的覆盖范围。我们通过三阴性乳腺癌临床FFPE切片的实验数据，验证了Stereo-seq V2的稳定性能，并成功识别出肿瘤特异性可变剪接事件。在结核分枝杆菌感染的小鼠模型中，我们运用该技术同步监测了宿主与病原体转录组的基因表达动态，成功组装免疫组库并鉴定出结核分枝杆菌特异性BCR克隆，这些发现在人类结核肺组织样本中同样得到验证。研究结果充分展现了Stereo-seq V2在生物医学研究与个性化医疗领域的应用潜力。