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美格基因 | 宏基因组云分析系列新增与迭代 第一弹！！加量不加价！
发布时间：
2025-05-14
随着高通量测序技术的飞速发展，宏基因组学（Metagenomics）已成为研究微生物群落结构、功能及其与环境或宿主相互作用的核心工具。无论是肠道微生态研究、土壤微生物多样性解析，还是海洋微生物资源开发，宏基因组技术均展现出不可替代的价值。然而，海量数据的处理、高昂的计算成本以及复杂的分析流程，始终是科研团队面临的三大挑战。基于云计算的组学分析技术，凭借其高效、灵活和智能化的特性，为突破这些瓶颈提供了全新解决方案。
依托在弹性云计算领域的深厚积累，美格基因构建了强大的云生态系统，整合了云组学、云工具、云数据库、前沿工具及云算力等多元化功能模块。其中，云组学模块通过高性能计算资源与多样化分析点，致力于为用户提供卓越的科研支持与高效的数据分析体验。基于持续的技术迭代与用户反馈，我们正式推出宏基因组云分析系列优化的首期更新。无论您是追求项目效率的研究者，还是探索科学边界的创新者，美格基因都将以技术创新为驱动，助力您在科研道路上稳步前行。
美格云组学模块
接下来我们一起来看下具体的优化点吧！！
新增物种与功能贡献度分析
该功能通过整合宏基因组测序数据与生物信息学工具，从物种组成、功能潜力及生态贡献度三个维度系统解析微生物群落，揭示不同物种及其功能在生态系统中的分布与相互作用。
宏基因组云分析交互界面
操作步骤
（1）参数设置
根据分析需求，选择对应的参数进行任务运行，参数包含：
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功能数据库选择：BacMet、CARD、CAZy、KEGG、NOG、PHI、TCDB、VFDB等主流数据库；
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分类层级选择：不同数据库对应其分类层级（如KEGG对应KO、L1、L2、L3等）；
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基因集选择：选择功能数据库后，如前面有进行基因集的筛选，则可选择需要的基因集，也可选择默认基因集；
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物种分类水平选择：包含Kingdom、Phylum、Class、Order、Family、Genus、Species；
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样品分析：设置分组方案；
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总丰度前物种或功能：根据需求，选择总丰度排名靠前的具体数量；
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分组样本丰度计算：支持按组内样本求和（sum）、均值（average）、中位数（median）等丰度计算方式
（2）任务运行
确认参数后点击“运行”，输入任务备注（可选），任务状态由“待提交”转为“提交成功”即开始执行。
分析结果展示
（1）物种贡献度柱状图
物种贡献度柱状图表明特定功能的物种组成，横坐标：每个功能模块（横轴）下分为多组柱状图，分别对应不同的样品分组，可能通过颜色或位置区分；纵坐标：物种的相对贡献度（Relative contribution），通常以百分比表示，反映不同物种在特定功能模块中对整体功能的贡献比例；“others”类别汇总了次要物种的贡献。
（2）功能贡献度柱状图
功能贡献度柱状图表明特定物种参与的主要功能，横坐标：每个物种模块（横轴）下分为多组柱状图，分别对应不同的样品分组，可能通过颜色或位置区分；纵坐标：功能的相对贡献度（Relative contribution），通常以百分比表示，反映不同功能在特定物种中对整体物种的贡献比例。
（3）和弦图
和弦图（Chord Diagram） 是一种环形可视化图表，通过环形布局和连接线表达多维关系，用于展示不同类别之间的相互关系或流量。
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节点布局（圆周上的分类）：节点围绕圆周排列，分为物种节点，功能节点（KEGG Orthology (KO) 功能模块，如代谢通路、信号传导等具体功能），部分节点可能包含未分类菌群（如unclassified）或汇总类别（如others）；
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连接线（弦）的含义：
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弦的宽度：表示物种与功能模块之间的关联强度或贡献度（如物种在某功能中的丰度、代谢活性等）；
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弦的指向：从物种节点指向功能节点，表明该物种对特定功能模块的贡献（反之则表示功能对物种的影响）；
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颜色区分：不同颜色用于区分物种组或功能类别。
基因集CARD注释新增ARO分类
CARD（Comprehensive Antibiotic Resistance Database）是一个综合性的抗生素耐药性基因数据库。它包含了经过验证的耐药基因和相关抗生素的信息，以及分子水平上与抗生素耐药性相关的数据和模型。CARD数据库以抗生素耐药性本体（ARO）为单元，提供了详细的耐药性基因注释和分类信息。通过宏基因组CARD注释分析，研究人员可以更深入地理解微生物群落中的抗生素耐药性机制，为相关领域的研究和实践提供重要的数据支持。
此前的云分析CARD注释只展示Resistance Mechanism、AMR_Gene_Family、Drug_Class，而ARO无法选择。本次优化添加ARO选项，生成Table func CARD Best Hit ARO.txt.xls文件，后续的各功能分析点也全部做了相应的增加。
基因集KEGG注释增加map、Enzyme、module分类
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的生物信息数据库，旨在从分子水平上系统分析基因功能和生物系统。此前的云分析KEGG注释只展示KO、L1、L2、L3，而Enzyme、Module、map无法选择。本次优化在基因集KEGG筛选中，新增Enzyme、Module、map，生成Table func KEGG Enzyme.txt.xls、Table func KEGG Module.txt.xls、Table func KEGG map.txt.xls文件，后续的各功能分析点也全部做了相应的增加。
结语
美格基因将持续优化宏基因组云分析流程，打造更智能、灵活、高效的一站式解决方案。无论您是探索微生物“暗物质”，还是解码复杂生态系统，我们都将作为您可靠的合作伙伴，助力科研突破。更多升级，敬请期待！
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