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FFPE空间转录组（Stereo-seq）

1.产品介绍

FFPE空间转录组（Stereo-seq）依托华大Stereo-seq平台与创新的随机探针技术，专为临床珍贵的石蜡包埋样本打造，通过对组织细胞内Total RNA进行高精度原位捕获并结合空间条形码还原其原始位置，实现全物种、全转录组的空间表达图谱构建。该方案的核心优势在于：可在保留组织原位的条件下，同时检测宿主转录组与微生物序列，精准解析微生物分布及其与宿主细胞的分子对话，支持肠-脑轴、肠-肺轴、肠-肾轴等多器官轴的原位互作研究，为肿瘤免疫、感染病理、神经炎症等领域提供全新视角。

2.技术原理

将目标FFPE切片置于华大Stereo-seq芯片上，经脱蜡、解交联及透化处理后，细胞内RNA被释放出来，随即被芯片表面的随机探针捕获。通过逆转录合成cDNA并在原位连接至芯片，再经空间条形码还原RNA的原始位置，最终经文库构建与测序，获得全转录组空间表达图谱。

3.优势

同张切片兼容H&E或细胞核染色
编码RNA与非编码RNA共捕获
微生物与宿主基因共检测
高分辨率（500nm）兼顾大视场
适用于全物种及多样本质量

4.实验流程

5.分析流程

6.分析结果展示

SingleR细胞类群注释打分热图

细胞聚类结果（Bin100）

属水平上的主要微生物比例

7.应用场景：

临床与动植物组织图谱绘制：同步解析宿主细胞状态与微生物定植特征，揭示疾病及病理状态下的空间互作网络。
肿瘤与感染微环境解析：精准定位免疫细胞与病原微生物空间分布，探索互作关系对治疗响应及感染进程的影响。
多器官轴与系统互作研究：同片共检宿主与病原微生物，支持肠-脑、肠-肺、肠-肾等多器官轴联合分析。
抗性机制与病理互作研究：原位解析病原菌侵染过程，挖掘作物抗病关键基因及宿主免疫应答的空间异质性。
标志物发现与靶点挖掘：挖掘宿主-微生物共定位相关的新型诊断靶点、预后标志物及抗病育种关键位点。
共生微生物功能研究：揭示动植物与共生菌群在组织原位的空间分布、功能互作及其对宿主健康的影响

8.案例解析：

文章题目：Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution

中文题目：Stereo-seq V2：针对FFPE切片的高分辨率全RNA空间定位技术

期刊名称：Cell

发表时间：2025.08

样本类型：肿瘤样本、肺组织

研究内容：Stereo-seq V2通过创新的随机引物原位捕获策略，成功解决了临床FFPE样本高分辨率空间全转录组分析的难题，不仅实现了单细胞分辨率下包括非编码RNA在内的全转录组图谱绘制，还能耐受高度降解的样本（DV200低至18），在三阴性乳腺癌临床FFPE切片的实验数据中鉴定了肿瘤特异性可变剪接事件，并在小鼠结核病模型的肺组织中同时捕获宿主-病原体转录组并完成空间BCR免疫组库分析，鉴定出跨患者共有的Mtb特异性克隆，展现了从临床存档样本中挖掘深层分子信息的巨大潜力。

参考文献：Zhao, Yu et al. “Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution.” Cell vol. 188,23 (2025): 6554-6571.e21. doi:10.1016/j.cell.2025.08.008

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