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单细胞核转录组测序（DNBelab C4）

1.产品介绍

单细胞核转录组测序(Single NucleiRNA Sequencing，snRNA-seq)与常规的单细胞转录组测序有所不同，它通过对组织/细胞进行抽核操作，将制备得到的单核悬液进行相应的转录组测序，以实现在单个细胞水平上研究核基因表达的技术。这种方法打破了单细胞测序对于新鲜样本时效性的限制，为研究脑组织、心脏、肾脏等复杂组织或一些珍贵的冷冻样本提供了单细胞水平的研究应用平台，有助于充分了解组织的细胞异质性和细胞的分化、发育状态于细胞功能机制。

2.技术原理

DNBelab C-TaiM 4 使用的多磁珠捕获细胞技术可以使有效液滴数量增多，每个有效液滴中包含两类功能磁珠，含有1个及以上Cell Beads（我们称之为大磁珠）、1个细胞、多个Index Carrier（称之为小磁珠）均为有效液滴；两类功能磁珠中，直径较大的磁珠-Cell Beads表面载有千万级条数的长、短两类序列，其中较长的序列在尾部设计有poly T结构，用来捕获细胞裂解后释放的mRNA，较短的序列用于互补配对结合小磁珠上边释放下来的人工设计序列部分；直径较小的磁珠Index Carrier在液滴中数量较多，表面载有千万级条数具有同样序列的标签序列，用来合并液滴中多个大磁珠标记的同一个细胞释放的 mRNA 信息，更准确的识别出液滴中包裹多个磁珠所造成的细胞转录本信息被分割的问题，同时也提高了捕获效率。

3.优势

1. 高通量：DNBelab C4平台支持高达数万个单细胞的并行测序，大大提高了单细胞研究的效率。

2. 高精度：采用先进的微流控技术，确保单细胞的分离和处理过程具有高精度和高重复性，从而提高数据质量。

3. 低样本消耗：DNBelab C4平台对样本的需求量极低，使得珍贵样本的使用更加经济高效。

4. 易用稳定：去掉繁琐的真空破乳和磁珠回收步骤，节省时间。

5. 经济友好：有效数据更多，测序需求成本下降。

6.大小磁珠标记技术：当一个液滴内有一个细胞核多个带标签的大磁珠时，能够通过小磁珠的标签识别出来

4.实验流程

5.分析流程

6.分析结果展示

单细胞亚群分类umap图

marker基因dotplot图

GO富集分析柱状图

不同细胞群体Marker基因差异倍数-表达比例差值火山图

7.案例解析

文章题目：Single Nuclear RNA Sequencing Highlights Intra-Tumoral Heterogeneity and Tumor Microenvironment Complexity in Testicular Embryonic Rhabdomyosarcoma

中文题目：单细胞核RNA测序揭示睾丸胚胎型横纹肌肉瘤的瘤内异质性和肿瘤微环境的复杂性

期刊名称：Journal of Inflammation Research

影响因子：6.922

发表时间：2022.01

实验平台：C4单细胞核转录组测序

摘要：研究通过单细胞核转录组测序。从睾丸ERMS组织中共获得8868个肿瘤细胞和10147个正常细胞。异质性恶性亚型由6个亚群（C1-C6）组成，具有不同的增殖和迁移潜能。细胞轨迹分析显示，C1亚群可能是肿瘤的起始细胞，在RMS发展过程中转化为两种不同类型的恶性细胞C2和C5/6。差异表达的基因与细胞粘附和细胞外基质信号通路密切相关。此外，细胞亚群（巨噬细胞和肿瘤细胞、内皮细胞和肿瘤细胞）之间的相互作用分析表明，胶原相关基因COL6A1从ERMS的启动到整个恶性转化过程中起着关键作用。研究结果为了解睾丸ERMS的发生和进展提供了新的见解，并在开发睾丸ERMS诊断和标志物方面具有潜在的价值。

图：亚群之间的相互作用

参考文献：

[1]Xu X, et al. Single Nuclear RNA Sequencing Highlights Intra-Tumoral Heterogeneity and Tumor Microenvironment Complexity in Testicular Embryonic Rhabdomyosarcoma. Journal of Inflammation Research. 2022;15:493-507.

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