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宏转录组(医学)

宏转录组(医学)


产品介绍

宏转录组(医学)测序是以医学样本(如人体不同部位的微生物群落、临床样本等)中的整个微生物群落作为研究对象,对样品中微生物群落的RNA做全面测序,经过组装、基因预测、基因注释与丰度计算等分析,挖掘样品中物种组成、功能基因转录调控和代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。

技术参数

产品

测序平台

测序策略

宏转录组(医学)

Nova PE150/DNBSEQ-T7

10G raw data

应用场景

  • 感染性疾病诊断
  • 病原体监测与流行病学研究
  • 肠道微生物与健康
  • 个体化医疗与治疗反应预测
  • 肿瘤微环境研究
  • 抗生素耐药性研究

产品优势

  • 全面性:宏转录组(医学)测序能够全面反映医学样本微生物群落的转录活性,捕捉到微生物的基因表达模式。
  • 功能活性:通过分析mRNA,可揭示基因在特定条件下的表达活跃性,帮助了解微生物群落在健康与疾病状态下的功能。
  • 疾病关联研究:宏转录组(医学)测序被用来探究微生物组与多种疾病(如炎症性肠病、肥胖、糖尿病、某些癌症及自身免疫疾病)的关系,寻找疾病标志物,评估治疗效果,以及探索新的治疗靶点。
  • 转录调控与适应机制:宏转录组(医学)测序能够揭示微生物如何通过转录水平的调控来适应不同的生理或病理条件,比如抗生素治疗后的响应、宿主免疫系统的互动等。
  • 生物标志物发现:通过比较健康与疾病状态下的宏转录组数据,可以鉴定出与特定疾病状态相关的差异表达基因,为诊断和治疗提供候选生物标志物。

实验流程

分析流程

分析结果展示

基因数目花瓣图

三元相图

RDA/CCA图

KEGG Pathway通路图

案例解析

案例一:鼻咽癌患者口腔内微生物易位的研究

口腔微生物的涌入形成了两种类型的鼻咽微生物群落

本研究聚焦于口腔微生物在鼻咽部的异位定植与鼻咽癌的关系。通过分析鼻咽癌患者和对照组的鼻咽-口腔微生物样本,研究发现口腔微生物的异常移位至鼻咽部与鼻咽癌风险显著增加相关。特别是核梭杆菌和中间普氏菌被确认为关键微生物,它们不仅在肿瘤内部存在,还影响了局部微环境和免疫反应。此外,这些微生物与EB病毒的载量呈现正相关,表明其可能在鼻咽癌的发展中扮演重要角色。这项工作强调了异常微生物通讯在癌症形成过程中的作用,为理解鼻咽癌发病机制提供了新的视角

 

参考文献:Liao, Y., Wu, YX., Tang, M. et al. Microbes translocation from oral cavity to nasopharyngeal carcinoma in patients. Nat Commun 15, 1645 (2024). 

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