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5R微生物多样性(医学)

5R微生物多样性(医学)


产品介绍

5R微生物多样性(医学)测序服务是通过对16S rRNA基因上的特定区域(V2、V3、V5、V6、V8)进行多重PCR扩增和测序,来实现对微生物物种的高覆盖率和高分辨率检测。与常规V3V4区扩增策略相比,此方法扩增出的区域覆盖约68%的16S全长序列,可以大幅提高细菌物种检测的覆盖率和分辨率,尤其适合于低微生物量的样品检测,有效降低了组织中宿主DNA对细菌16S rDNA扩增的严重干扰。5R 16S测序技术在医学领域具有广泛的应用前景,特别是在肿瘤微生物组的研究和临床应用方面展现出巨大的潜力。

技术参数

产品

测序策略

数据量

微生物多样性(医学)

NovaSeq PE150

20w raw reads

应用场景

  • 肿瘤疾病的诊断
  • 肿瘤疾病的发生机制研究
  • 肿瘤疾病预后研究
  • 药代动力学研究

产品优势

  • 覆盖区域长:测序覆盖了16S rRNA基因上的5个区域,约占全长的68%。
  • 鉴定“种”多:更长的16S rRNA基因覆盖,鉴定出更多更准的菌“种”。
  • 检测灵敏度高:适用低微生物量样本如肿瘤组织的菌群检测。
  • 样本宽容度大:适用降解样本中的菌群检测。

实验流程

分析流程

产品介绍

案例(一)

 

英文标题:The human tumor microbiome is composed of tumor type–specific intracellular bacteria

中文标题:人类肿瘤微生物组由肿瘤类型特异性细胞内细菌组成

发表期刊:Science 
发表时间:2020 
样本类型:冻存组织和FFPE样本 

本文对肿瘤微生物组进行了全面分析,研究了7种癌症类型的1526个肿瘤及其邻近正常组织,包括乳腺癌、肺癌、卵巢癌、胰腺癌、黑色素瘤、骨癌和脑瘤。研究发现每种肿瘤类型都有不同的微生物组组成,乳腺癌的微生物组特别丰富多样。肿瘤内细菌主要是细胞内的,存在于癌症和免疫细胞中。研究还注意到肿瘤内细菌或其预测功能与肿瘤类型和亚型、患者吸烟状况以及对免疫治疗的反应之间的相关性。

人类肿瘤中检测到细菌成分

 

案例(二)

英文标题:Breast cancer colonization by Fusobacterium nucleatum accelerates tumor growth and metastatic progression
中文标题:核梭杆菌定殖乳腺癌加速肿瘤生长和转移进展
发表期刊:Nature Communications
发表时间:2020 
样本类型:乳腺肿瘤组织  

核梭杆菌是一种口腔厌氧菌,在人类结肠直肠癌中普遍存在且与不良治疗结果相关。本研究发现,人类乳腺癌进展时Gal-GalNAc水平增加,乳腺癌样本中核梭杆菌gDNA的出现与高 Gal-GalNAc水平有关,该细菌能与乳腺癌样本Fap2依赖性结合,可被GalNAc抑制。血管内接种表达Fap2的核梭杆菌ATCC 23726可定植小鼠乳腺肿瘤,而Fap2缺陷细菌定植受损。接种核梭杆菌抑制肿瘤浸润T细胞积累,促进肿瘤生长和转移,抗生素治疗可抵消。因此,靶向核梭杆菌核酸或Fap2可能对乳腺癌治疗有益。

核状芽孢杆菌ATCC 23726对乳腺癌的依附是Fap2介导的和Gal-GalNAc依赖性的

 

参考文献
[1] Nejman, D., Livyatan, I., Fuks, G., Gavert, N., Zwang, Y., Geller, L. T., … Gigi, E. (2020). The human tumor microbiome is composed of tumor type–specific intracellular bacteria. Science, 368(6494), 973–980.
[2] Parhi, L., Alon-Maimon, T., Sol, A. et al. Breast cancer colonization by Fusobacterium nucleatum accelerates tumor growth and metastatic progression. Nat Commun 11, 3259 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-16967-2

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