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真核有参转录组(医学)

真核有参转录组(医学)


产品介绍

转录组是指一个生物体、细胞或组织在特定生理条件或时间点下所有转录产物的集合,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及各种非编码RNA(ncRNA)。这些RNA分子直接反映了基因的表达情况,是连接基因组遗传信息与其实际功能的桥梁。
真核有参转录组(医学)测序:是针对人和大小鼠的细胞或组织在特定生理或病理状态下的转录产物mRNA进行高通量测序,来揭示基因结构、基因表达差异和可变剪接等信息。进一步推动我们对疾病机制、药物作用靶点及基因功能调控网络的理解。

技术参数

产品

测序平台

测序策略

真核有参转录组(医学)

NovaSeq PE150

6 G raw data

应用场景

  • 个体生长发育研究:通过研究小鼠卵巢在不同发育阶段的转录组变化,可以阐明生殖系统成熟的关键分子机制。
  • 癌症发生发展机制研究:基于转录组数据揭示癌症中异常激活或抑制的信号通路,以及基因调控网络的改变,从而理解癌症进展的机制。
  • 药物作用机制及靶点研究:通过比较药物处理前后基因的表达水平变化,筛选出与药物效果紧密相关的候选靶点
  • 疾病致病机理研究:基于转录组数据,描绘疾病状态下关键信号传导通路和分子网络的改变,如代谢途径、免疫应答、细胞凋亡等,从而揭示疾病发生的分子基础
  • 微生物感染致病机理研究:分析感染模型或细胞系中病原体的转录组,可以揭示其适应宿主环境、逃避免疫监视、操纵宿主细胞代谢和信号传导等致病机制
  • 分子标记物研究:通过分析疾病模型与正常对照的转录组差异,可以发现参与疾病发生发展的关键基因和信号通路。

产品优势

  • 高覆盖度:单次转录组测序实验即可获取全面的编码RNA信息;
  • 疾病辅助诊断:通过人类疾病分类(Disease Ontology,DO)数据库进行富集分析,为物种人的关联疾病提供佐证;
  • 关联分析:可联合多个组学数据,开展跨组学关联分析。
  • 多维度注释:通过与各大数据库比对,可获得更完整的转录本注释信息

实验流程

分析流程

分析结果展示

 PCA图

 差异基因火山图

距离热图

案例解析

案例一:克罗恩病患者肠道回肠粘膜病毒群紊乱,加剧了小鼠肠道炎症

 

克罗恩病患者回肠病毒组多样性和组成的改变

 

在这项研究中,我们阐明了肠道病毒组(包括原核和真核病毒组)在克罗恩病(Crohn’s disease,CD)患者和健康人群肠道粘膜水平上的组成和功能,并观察了其与临床因素的关联。我们证实,来CD患者的回肠粘膜病毒可在IBD小鼠模型中加剧肠道炎症,其机理是通过重塑细菌组-病毒组生态,使其趋向于促炎症肠型。我们的研究结果突出表明,恢复肠粘膜上被破坏的病毒组-细菌组网络应被视为未来CD治疗的一个新目标。


参考文献:Cao Z, Fan D, Sun Y, et al. The gut ileal mucosal virome is disturbed in patients with Crohn’s disease and exacerbates intestinal inflammation in mice[J]. Nature Communications, 2024, 15(1): 1638.
链接:https://doi.org/10.1038/s41467-024-45794-y.

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