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高通量转录表达谱(医学)

高通量转录表达谱(医学)


产品介绍

高通量转录表达谱(医学)专门针对人和大小鼠的转录水平变化研究而设计,是基于已经在单细胞转录组中应用成熟的3'端建库技术建立的真核转录组产品,可简化建库实验环节并节省建库成本,对mRNA的3' 端附近序列进行测序并快速得到基因定量和差异分析结果。尤其适合于只关注基因表达差异的大量样本分析,以及转录本完整性低的FFPE样本分析。

技术参数

产品

测序平台

测序策略

高通量转录表达谱(医学)

NovaSeq PE150

2 G raw data

应用场景

  • 疾病诊断与分类:通过分析患者样本(如血液、组织)中的转录本水平,发掘与疾病相关的标志基因或表达模式,用于疾病的早期诊断。
  • 预后评估:基于转录表达谱的数据,识别出与疾病进展或缓解相关的基因表达特征,为预测患者预后提供分子指标。
  • 药物靶标发现:基于转录表达谱的数据,揭示疾病状态下异常表达的基因和通路,用于识别新的药物作用靶点。
  • 药物疗效和毒性预测:在治疗过程中,监测治疗前后基因表达的变化,评估药物疗效,以及预测患者的治疗响应,为临床决策提供依据。
  • 生物标志物的发现:通过比较正常组织和患病组织的差异表达基因,可以鉴定出一些列的潜在生物标志物。
  • 个性化医疗:通过分析患者的转录表达谱,可以将患者根据其生物学特征分为不同亚群。这有助于识别对特定治疗响应良好的人群,实现治疗策略的个体化调整。

产品优势

  • 样本要求更低:对RNA完整性要求降低,尤其适用于临床、大小鼠实验中的FFPE样品。
  • 实验周期更短:无需额外的poly(A)富集处理、超声打断和3'端加A等步骤,简化建库步骤;
  • 基因定量更快:针对3’端附近序列进行测序,提高数据比对速度,无需组装转录本,快速获得基因定量信息;
  • 数据量要求更低:仅针对3’端附近序列测序,测序数据量要求(2G raw data/sample)减少60%,适合于大量样本的差异基因分析;
  • 分析一致性高:针对同一样品高通量转录表达谱与传统真核转录组相比,在重要基因检出、差异分析和富集分析结果一致性高;

实验流程

分析流程

分析结果展示

GSEA 富集图 

差异基因GO富集图

碱基测序质量分布图

案例解析

案例一:奥利多宁通过 FABP4/PPARγ 信号抑制泡沫样巨噬细胞的形成和炎症,从而减轻动脉粥样硬化

肿瘤组织的RNA-seq分析

 

本研究通过使用CBE4max系统使IL2RG和RAG1基因失活而创建的免疫缺陷猴模型。碱基编辑猴的免疫系统严重受损,表现为淋巴细胞减少、淋巴器官萎缩和成熟T细胞缺乏。此外,通过将人类乳腺癌细胞(MDA-MB-231-CMV-EGFP-Luc-Puro)引入突变猴和野生猴体内,经过染色检查、免疫荧光分析以及肿瘤组和对照组的RNA-seq分析,证实了这些碱基编辑过的猴子还能寄生和支持人类乳腺癌细胞的生长,从而导致肿瘤的形成。本研究开发的这些免疫缺陷猴显示出巨大的潜力,是推进生物医学和转化研究的宝贵工具。


参考文献:Zheng X, Huang C, Lin Y, et al. Generation of inactivated IL2RG and RAG1 monkeys with severe combined immunodeficiency using base editing[J]. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2023, 8(1): 327.
链接:https://doi.org/10.1038/s41392-023-01544-y

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