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宏基因组(二代)(医学)

宏基因组(二代)(医学)


产品介绍

宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象,它摆脱了微生物难分离难培养的技术限制,只需从样品中提取全部微生物的总DNA进行测序。
宏基因组(二代)(医学):是针对医学研究中的样本(粪便、肠道、体液、组织等)进行宏基因组测序,从基因组水平上揭示微生物菌群的物种及基因功能信息,探索其与临床及宿主之间的关系。

技术参数

产品

测序平台

测序策略

宏基因组(二代)(医学)

NovaSeq PE150

10 G raw data

应用场景

  • 感染性疾病诊断:基于宏基因组数据,可快速鉴定血流感染、呼吸道感染、中枢神经系统感染等各类感染性疾病的病原体。
  • 病原体监测与流行病学研究:结合样本时空信息,宏基因组数据可以用于绘制病原体传播链,追踪疫情起源和发展趋势,为流行病学调查提供精准证据。
  • 肠道微生物与健康:比较健康组与患病组的微生物组成差异,调节患者肠道微生物组成,治疗肥胖症、糖尿病、炎性肠病等。
  • 个体化医疗与治疗反应预测:根据个人的微生物组特征定制治疗方案,实现更加精准的医疗干预以及预后反应的预测。
  • 肿瘤微环境研究:通过了解肿瘤样本中的微生物物种组成及功能组成,理解其与肿瘤发生发展之间的相互关系。
  • 抗生素耐药性研究:从临床样本中所有微生物的DNA序列识别出抗生素抗性基因,理解其在微生物间的传播机制,探索耐药性是如何累积和演化的。

产品优势

  • 严格的质量控制:在样本处理、数据质量控制方面遵循更为严格的标准,针对医学样本专门去除宿主序列确保研究结果的可靠性和可重复性。
  • 全面的医学注释:综合运用多个专业数据库,对物种及功能进行深度注释,特别涵盖了致病菌毒力因子、抗生素抗性基因及病原体与宿主互作等关键医学领域的精细注释。
  • 结果全方位展现:针对每个分析点,采用多种维度与方法,生成各异的展示形式,全方位满足不同客户的个性化需求。
  • 隐私和安全性保护:严格的隐私保护,确保微生物数据的收集、存储和分析符合相关法律法规,保护个人信息安全。

实验流程

分析流程

分析结果展示

功能Bubble图

UPGMA聚类与柱状图

三元相图

致病菌毒力因子丰度条形图

案例解析

案例一:短期补充蔓越莓提取物可调节人体肠道微生物群并显示出双歧因子效应

补充蔓越莓提取物对粪便微生物群多样性和丰富度的总体影响

 

本研究在一项涉及39名健康人的人体临床试验中,评估连续4天补充含有(多)酚和低聚糖的纯化蔓越莓提取物(PrebiocranTM)对粪便微生物群的组成和功能的影响。通过 16 S rRNA 测序分析了粪便微生物群的组成,并对粪便和血浆中的短链脂肪酸(SCFA)进行了定量。此外,作为研究的一部分,根据蔓越莓提取物引起的肠道微生物群中细菌属丰度的变化,将参与者分为肠道型。这种分层方法揭示了取决于初始肠道微生物群组成的特定反应,并阐明了蔓越莓提取物补充与个体间差异之间的关系。


参考文献:Lessard-Lord J, Roussel C, Lupien-Meilleur J, et al. Short term supplementation with cranberry extract modulates gut microbiota in human and displays a bifidogenic effect[J]. npj Biofilms and Microbiomes, 2024, 10(1): 18.
链接:https://doi.org/10.1038/s41522-024-00493-w

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