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宏基因组


产品介绍

宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象,它摆脱了微生物难分离难培养的技术限制,只需从样品中提取全部微生物的总DNA进行测序。根据高通量测序平台的不同,可分为宏基因组(二代)和宏基因组(三代)。
宏基因组(二代):是指采用第二代高通量测序技术,对样品中微生物群落的DNA做全面测序,经过组装、基因预测、基因功能注释等分析,挖掘样品中物种组成、基因功能、代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。
宏基因组(三代):是指采用第三代高通量测序技术,对样品中微生物群落的DNA做全面测序。由于三代测序技术的发展,其在保持长读长的同时也兼顾了准确度,可以减少部分拼接错误,轻松获得高质量的序列信息,提高基因组组装注释的准确性和微生物群落鉴定的分辨率。

技术参数

产品

测序平台

测序策略

宏基因组(二代)

NovaSeq PE150

10 G raw data

宏基因组(三代)

PacBio Sequel IIe

3G raw data

 

实验流程

样本DNA提取
PCR扩增及产物纯化
文库构建
文库质检
上机测序

分析流程

(1)宏基因组(二代)分析流程

(2)宏基因组(三代)分析流程

分析结果展示

(1)宏基因组(二代)

功能Bubble图 

LefSe多组差异分析

基于不同Marker基因构建系统发育树

(2)宏基因组(三代)

群落结构 

各样品携带ARGs的contigs的质粒鉴定情况

Binning得到的部分合格MAGs的质量指标

携带ARG的contigs的物种鉴定情况

 

 

 

 

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