新闻资讯
News Information
美格基因｜微生物多样性最新研究进展20231027
发布时间：
2023-11-02
本期美格导读为大家播报有关微生物多样性的研究前沿，如果大家想看本期任何一篇文章的详细精读，欢迎在下方给我们留言哦，我们将在后期推文中为大家带来详细解读~
本期美格导读为大家播报有关微生物多样性的研究前沿，如果大家想看本期任何一篇文章的详细精读，欢迎在下方给我们留言哦，我们将在后期推文中为大家带来详细解读~
扫描上方二维码
关注美格科服公众号
后台回复 影响因子
即可获得2018-2022最新影响因子汇总表
后台回复宏病毒组
即可获得100篇宏病毒组学文献案例
标题：Metaproteomics, metagenomics and 16S rRNA sequencing provide different perspectives on the aerobic granular sludge microbiome
译名：宏蛋白质组学、宏基因组学和16S rRNA测序为好氧颗粒污泥微生物组的研究提供了不同的视角
作者：Hugo B C Kleikamp等
时间：2023-10-06
期刊：Water Research
影响因子：12.8
DOI：10.1016/j.watres.2023.120700
摘要
测序技术的巨大进步使DNA测序成为微生物组研究的常规方法。此外，质谱技术的进步也将传统的蛋白质组学扩展到微生物生态学领域。然而，迫切需要进行系统的研究，以更好地了解这些“组学”方法的互补性，特别是对于复杂的环境，如废水处理污泥。在此，作者描述了来自三个不同污水处理厂的好氧颗粒污泥的比较代谢组学研究。为此，作者采用宏蛋白质组学、宏基因组测序和16S rRNA扩增子测序来研究相同大小的颗粒材料。此外，作者进一步使用基因组分类法数据库（GTDB）对分类特征进行了比较，以增强不同方法之间的可比性。虽然在不同的好氧颗粒污泥样品中鉴定出了一致的主要分类群，但不同组学技术获得的分类组成在低分类水平上存在显著差异，这影响了对营养物质去除过程的解释。然而，正如宏蛋白质组学所证明的那样，在所有技术中一致鉴定的属涵盖了大部分的蛋白质生物量。已建立的代谢组学数据和contig分类流程已公开，这为进一步研究好氧颗粒污泥的代谢过程提供了宝贵的资源。
推荐语
该研究对来自三个不同废水处理厂的好氧颗粒污泥进行了首次系统的宏组学研究，此外还比较了不同的参考序列数据库，包括GTDB、RefSeqNR、UniprotKB、MiDAS和SILVA。研究的数据证明了单一组学方法和数据库如何偏向分类学和功能解释。
标题：Validation of 16S rRNA gene sequencing and metagenomics for evaluating microbial immigration in a methanogenic bioreactor
译名：16S rRNA基因测序和宏基因组学评估产甲烷生物反应器中微生物迁移的验证
作者：Tzu-Yu Lin等
时间：2023-07-15
期刊：Water Research
影响因子：12.8
DOI：10.1016/j.watres.2023.120358
摘要
为了定量评估来自上游群落的微生物迁入对下游群落微生物组装的影响，建立了基于生态基因组学(ecogenomics)与16S rRNA基因测序相结合的质量平衡(EGMB)模型。本研究利用一个模拟群落进一步验证了EGMB模型，并证明了使用基于宏基因组的EGMB模型来揭示微生物活性和功能的可行性。将由气单胞菌、大肠杆菌和假单胞菌组成的模拟群落与溶解性有机底物一起投喂到实验室规模的产甲烷生物反应器中。利用qPCR、16S rRNA基因、16S rRNA基因拷贝数归一化(GCN)和宏基因组分析，结果显示饲料中的群落组成具有高度可比性。在生物反应器中，气单胞菌和假单胞菌在整个实验过程中均呈负增长。大肠杆菌的生长速率在大多数生物标志物检测中为负值，但在16S rRNA基因检测中为正值。但随着反应器运行时间的增加，所有处理方式的大肠杆菌生长速率均呈负增长趋势。观察到未培养的Desulfobacterota、Chloroflexi、Actinobacteriota和Spirochaetota种群丰度增加，表明它们对降解饲料生物量方面的贡献。根据宏基因组的代谢重构，这些种群具有水解、发酵、脂肪酸降解或乙酸盐氧化等功能。总体而言，研究结果支持应用16S rRNA基因和宏基因组的EGMB模型来测量生物反应器中微生物的生长速度，后者在深入了解未培养菌种的微生物功能方面具有优势。
推荐语
该研究通过在EGMB模型中分别合并所有四种生物标志物（即qPCR，16S rRNA基因，16S rRNA GCN和宏基因组）来评估三种细菌菌株的特异性生长速率。使用宏基因组分析进一步进行代谢重构，以揭示生物反应器中活跃群体的潜在功能。结果表明，基于宏基因组的EGMB模型在表征微生物活性和微生物在全尺寸AD中的生态作用方面具有巨大潜力。
标题：Integrating metabolomics, 16S rRNA sequencing, network pharmacology, and metorigin to explore the mechanism of Cinnamomi Cortex in treating chronic atrophic gastritis rats
译名：结合代谢组学、16S rRNA测序、网络药理学和同源性研究肉桂皮治疗慢性萎缩性胃炎大鼠的作用机制
作者：Yuetao Liu等
时间：2023-09-12
期刊：Phytomedicine
影响因子：7.9
DOI：10.1016/j.phymed.2023.155084
摘要
肉桂皮被称为肉桂(Rougui, RG)，是一种广泛应用的药食同源物。RG具有治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的潜力，这是一种在中国人群中具有广泛影响的疾病。 本研究基于UHPLC-Q/TOF MS（超高效液相色谱-四极杆/飞行时间质谱）的综合化学表征，采用网络药理学方法预测RG对CAG的潜在有效成分和核心靶点。进一步采用CAG动物模型验证其药效学，结合代谢组学、16S rRNA测序、Met origin代谢物溯源分析和分子对接等方法分析盲肠内容物肠道菌群，并探讨其基于合并策略的CAG对抗机制。网络药理学首次预测RG的疗效归因于4种有效成分和7个靶点。CAG大鼠盲肠内容物的代谢组学结合Met origin溯源分析研究发现，初级胆汁酸生物合成是其与肠道微生物群代谢相关的靶向代谢通路。16S rRNA测序表明，RG通过调节肠道微生物群的失衡来治疗CAG。分子对接进一步证实，RG的有效成分可以对潜在靶点、同源性分析途径和肠道微生物群代谢途径的关键酶进行干预。
推荐语
结果表明，RG对CAG有良好的作用。其中槲皮素、山奈酚、油酸和表儿茶素4种活性成分是发挥药物作用的关键，可针对CAG的核心靶点、初级胆汁酸生物合成和肠道菌群代谢途径进行干预。
标题：An early-life microbiota metabolite protects against obesity by regulating intestinal lipid metabolism
译名：一种早期微生物群代谢产物通过调节肠道脂质代谢来预防肥胖
作者：Catherine D Shelton等
时间：2023-10-03
期刊：Cell Host & Microbe
影响因子：30.3
DOI：10.1016/j.chom.2023.09.002
摘要
早期生命微生物群保护儿童免受促进儿童肥胖的环境因素的机制在很大程度上仍然未知。在小鼠模型中，幼鼠同时暴露于抗生素和高脂肪（HF）饮食，研究表明小肠（SI）微生物群的主要成员乳酸杆菌生命早期调节肠上皮细胞（IECs）以限制饮食诱导的肥胖。乳酸杆菌衍生的代谢物苯乳酸（PLA）通过增加SI IECs中过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPAR-γ）的丰度，来防止早期暴露于抗生素和HF饮食引起的代谢功能障碍。因此，苯乳酸是一种微生物群衍生的代谢物，可激活小肠上皮中的保护途径，以调节肠道脂质代谢，预防生命早期抗生素相关性肥胖。
推荐语
该研究表明，PLA上调了肠道PPAR-γ，并防止因早年接触抗生素和HF饮食引起的代谢功能障碍。因此，PLA是一种微生物群衍生的代谢物，可激活SI上皮的保护途径，以防止生命早期肥胖。
标题：Mefentrifluconazole exposure disrupted hepatic lipid metabolism disorder tightly associated with gut barrier function abnormal in mice
译名：甲氟康唑暴露引起小鼠肝脂代谢紊乱与肠道屏障功能异常密切相关
作者：Hu Zhang等
时间：2023-09-23
期刊：Science of the Total Environment
影响因子：9.8
DOI：10.1016/j.scitotenv.2023.167317
摘要
甲氟康唑(Mefentrifluconazole, MFZ)是一种用于防治农业真菌危害的唑类杀菌剂。然而，由于其非生物降解性，唑类杀菌剂可在植物、动物和环境中积累，从而成为世界范围内的主要健康问题。本研究将7周龄的C57BL/6小鼠暴露于10、30和100 mg/kg的MFZ 28天，以评估MFZ对小鼠肝脏和肠道组织的毒性作用。组织病理学、生化指标和转录组分析表明，MFZ暴露扰乱了小鼠肝脏结构和肝脏脂质代谢，破坏了肠道屏障功能并促进炎症反应。此外，16S rRNA测序结果表明，MFZ暴露在属水平上显著增加了patescibacteria的丰度。此外，MFZ暴露增加了与糖脂代谢抑制相关的细菌属的丰度。这些结果提示，MFZ暴露导致的肝脏脂质代谢紊乱可能是由肠道菌群功能的改变引起的。本研究为MFZ的发病风险评估提供了新的研究思路，同时也加强了对新型杀菌剂的关注。
推荐语
本研究指出MFZ破坏小鼠的肝脂代谢、降低小鼠肝脂代谢相关基因的表达、诱导小鼠肠屏障功能障碍、导致小鼠肠道微生物群失调。这为MFZ的发病风险评估提供了新的研究思路，同时也加强了对新型杀菌剂的关注。
更多新闻
美格基因
美格科服
联系我们
地址：广东深圳国际创新谷三期7栋B座13层
地址：广州国际生物岛官洲生命科学中心A栋第28层
地址：广州国际生物岛螺旋四路7号二期3栋4层
Copyright © 2023 广东美格基因科技有限公司
