环境功能基因组Functional Gene Arrays

StressChip 功能基因芯片

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产品简介

周集中教授及其团队研发于2012年成功研发了微生物群落对环境变化响应的功能基因芯片StressChip，用于检测人工系统和自然生境中环境条件的改变对微生物群落功能组成和功能的影响，进而探讨微生物群落对环境胁迫的响应。
该芯片针对46个明确的功能基因，共设计了22,855个探针，特异性检测985个细菌、76个古菌和59个真菌物种（或菌株）中79,628个蛋白编码序列，涵盖了微生物对温度、渗透压、氧梯度、营养缺乏等多种环境变化的响应。

产品优势

有效性高

通过对宏基因组数据的计算机验证分析表明，该芯片能清晰反映各胁迫基因在各自生境中的种类和丰度分布，展示了该芯片的有效性
数据可读性强

与基于测序的宏基因组数据相比，GeoChip数据简单易懂，可直接用于各类统计分析，有助于结果的解读和比较

应用领域

环境变化

揭示微生物群落对环境变化的动态和响应

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实验流程

样品采集

核酸（DNA/RNA）提取

核酸检测

荧光标记

芯片杂交

芯片扫描与成像

分析流程

样品要求

DNA样品

浓度≥50ng/μl，总量≥3μg，OD260/280:1.8-2.0，OD260/230≥1.5，无明显的DNA降解，无 RNA、蛋白质等杂质污染。

RNA样品

浓度≥65ng/μl，总量≥3.5μg，OD260/280:1.8-2.0，23S/16S≥1.0，RIN≥6.0；无基因组污染、无蛋白和杂质污染、无颜色异常。

样品运输

样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop检测数据。

DNA样品

浓度≥50ng/μl，总量≥3μg，OD260/280:1.8-2.0，OD260/230≥1.5，无明显的DNA降解，无 RNA、蛋白质等杂质污染。

RNA样品

浓度≥65ng/μl，总量≥3.5μg，OD260/280:1.8-2.0，23S/16S≥1.0，RIN≥6.0；无基因组污染、无蛋白和杂质污染、无颜色异常。

样品运输

样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop检测数据。

技术参数

测试策略

DNA或cDNA

RNA
数据量

60K/180K

60K/180K
周期

55个工作日

65个工作日