环境功能基因组Functional Gene Arrays

PathoChip 功能基因芯片

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产品简介

PathoChip是周集中教授及其团队于2013年成功研发的针对病原微生物的功能基因芯片，用于检测多种环境当中病原以及与致病相关的微生物群落的功能组成和结构，进而探讨和评估威胁人类和动植物健康的微生物群落的致病潜能。
该芯片针对16,762个确认的致病和毒性相关基因序列，共设计了3,715个探针，特异性检测1,397个病原微生物物种（2,336个菌株）中7,417个蛋白编码序列，共涵盖了13个关键的致病和毒性因子。

产品优势

数据可读性强

与基于测序的宏基因组数据相比，GeoChip数据简单易懂，可直接用于各类统计分析，有助于结果的解读和比较
灵敏度和可靠性高

该芯片已对土壤、海水和人体唾液样品进行了实验测试，结果表明，平行样品间结果具有很高重现性
宿主基因组的干扰少

PathoChip芯片是根据病原微生物相关的各类功能基因设计的特异性探针，可专一地检测单个特定的功能（序列）
检测类群广

PathoChip芯片所针对的病原微生物群落功能十分全面，包括了如附着、定植、迁移、入侵、毒性、免疫逃脱和铁离子摄取等相关的多种病原微生物

应用领域

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实验流程

样品采集

核酸（DNA/RNA）提取

核酸检测

荧光标记

芯片杂交

芯片扫描与成像

分析流程

样品要求

DNA样品

浓度≥50ng/μl，总量≥3μg，OD260/280:1.8-2.0，OD260/230≥1.5，无明显的DNA降解，无 RNA、蛋白质等杂质污染。

RNA样品

浓度≥65ng/μl，总量≥3.5μg，OD260/280:1.8-2.0，23S/16S≥1.0，RIN≥6.0；无基因组污染、无蛋白和杂质污染、无颜色异常。

样品运输

样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop检测数据。

DNA样品

浓度≥50ng/μl，总量≥3μg，OD260/280:1.8-2.0，OD260/230≥1.5，无明显的DNA降解，无 RNA、蛋白质等杂质污染。

RNA样品

浓度≥65ng/μl，总量≥3.5μg，OD260/280:1.8-2.0，23S/16S≥1.0，RIN≥6.0；无基因组污染、无蛋白和杂质污染、无颜色异常。

样品运输

样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop检测数据。

技术参数

测试策略

DNA或cDNA

RNA
数据量

60K/180K

60K/180K
周期

55个工作日

65个工作日