PathoChip是周集中教授及其团队于2013年成功研发的针对病原微生物的功能基因芯片,用于检测多种环境当中病原以及与致病相关的微生物群落的功能组成和结构,进而探讨和评估威胁人类和动植物健康的微生物群落的致病潜能。
该芯片针对16,762个确认的致病和毒性相关基因序列,共设计了3,715个探针,特异性检测1,397个病原微生物物种(2,336个菌株)中7,417个蛋白编码序列,共涵盖了13个关键的致病和毒性因子。
与基于测序的宏基因组数据相比,GeoChip数据简单易懂,可直接用于各类统计分析,有助于结果的解读和比较
该芯片已对土壤、海水和人体唾液样品进行了实验测试,结果表明,平行样品间结果具有很高重现性
PathoChip芯片是根据病原微生物相关的各类功能基因设计的特异性探针,可专一地检测单个特定的功能(序列)
PathoChip芯片所针对的病原微生物群落功能十分全面,包括了如附着、定植、迁移、入侵、毒性、免疫逃脱和铁离子摄取等相关的多种病原微生物
样品采集
核酸(DNA/RNA)提取
核酸检测
荧光标记
芯片杂交
芯片扫描与成像
DNA或cDNA
RNA
60K/180K
60K/180K
55个工作日
65个工作日