微生物组学Microbial Genomics

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  • OTU聚类与注释

    质控后得到的序列以97%的相似性聚类得到OTU,再比对到微生物数据库进行注释,分别按照门、纲、目、科、属、种统计物种的相对丰度。


  • Alpha多样性

    Alpha多样性是对单个样品中物种多样性的分析,包括物种组成的丰富度和均匀度,其中Rank abundance可同时直观地反应上面提到的两点。


  • Beta多样性

    Beta多样性是对样品间的微生物群落组成多样性的比较,前提是在各样品序列数量一致的情况下进行。根据样品的OTU丰度信息表格计算Braycurtis距离并最终得到样品之间的相似关系。


  • 物种差异

    Anosim和Adonis都是通过计算组间的检验值而判断是否具有显著差异性,而LEfSe分析使用了非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验找出不同分组间丰度差异显著的物种,并在此基础上利用成组的Wilcoxon秩和检验来进行组间差异分析,并采用线性判别分析(LDA)来估算不同病毒丰度对差异效果的影响。


  • 环境因子相关分析

    RDA/CCA分析主要反映菌群与环境因子之间关系,寻找硬性样品中微生物群落分布的重要环境驱动因子,需要客户提供环境因子数据,如pH、温度和湿度等。