微生物组学Microbial Genomics

COMMON PROBLEMS常见问题

  • 全长16S测序的优势和劣势是什么?

    全长16S测序可以得到更长的读长和更全的扩增区域,基于此,与传统基于二代平台上的16S测序相比,可以得到更细致的物种分类和更多物种注释信息。当然,全长16S的缺点也很明显,就是成本比较高,所以该如何选择,需要具体看研究目的了。

  • 在全长16S测序中,增加测序量(CCS的数目)是否可以得到更好的结果(分辨率)呢?

    一般情况下,5000 CCS reads能满足各类样本的研究需要,若客户的样本的微生物种类非常丰富,或者客户对微生物的分类要求更高,则可推荐更高测序数据量。 鉴于文献,若需要鉴定到种水平,且保证OTUs数量能够覆盖样品中97%以上的微生物,各类型样品所需数据量如下:肠道、粪便样本:3000-4000条reads;水体样本:3000-4000条reads;土壤样本:4000-5000条reads。